如果发现肛门内隐隐作痛，可能的原因有以下几种：第一、可能由于直肠的炎症导致的，由于炎性的刺激会导致里急后重，肛门内隐隐作痛。第二、可能由于盆腔积液导致的，这种盆腔积液可能由于妇科的一些炎症，男性多见于附睾炎等原因。第三、可能由于痔疮合并感染。第四、可能由于肠道出血或者肿瘤等原因导致的。如果发现肛门内隐隐作痛，建议到正规的专科医院系统的检查，明确疼痛的具体原因后，根据不同的病因采取相对应的治疗措施。