内镜下结直肠息肉切除手术风险较小，多见的风险包括：出血、穿孔、切除失败、药物过敏，以及心脏不良反应、麻醉风险等。治疗前，病人需进行心电图及血液方面的检查，筛选出存在手术风险的病人，并告知风险性。筛选后进行切除手术的主要风险为出血及穿孔。如病人表现出出血情况，可进行内镜下止血；如有穿孔发生，可进行内镜下缝合，如缝合失败，或需进行外科手术治疗。