窦性心律不齐，多见于生理性以及病理性状态。生理性多见于正常、健康人，如抽烟、饮酒、喝咖啡或焦虑、情绪激动、过度体力活动，都可能会造成窦性心律不齐。夜间睡眠状态、运动员或长时间体力劳动者，可以表现出窦性心律不齐，伴窦性心动过缓。病理性因素，如器质性心脏病、急性冠状动脉缺血、心肌梗死、窦房结病变、先天性心脏病、心包炎结缔组织病等，可以造成窦性心律不齐。某些心脏外疾病如发烧、感染、甲状腺疾病、颅内压增高、肿瘤及风湿热等，亦可以造成窦性心律不齐。