心脏神经官能症治疗以心理治疗为主，药物治疗为辅。鼓励患者调整心态，安排好作息时间，适量进行文娱、旅游和体育活动。在合理治疗合并的心血管器质性疾病同时，焦虑症状明显的患者可选用抗焦虑药物，如苯二氮草类抗焦虑药氯硝西泮、劳拉西泮等。伴随抑郁的患者可选用三环类抗抑郁药阿米替林、多塞平或选用选择性5-羟色胺再摄取抑制剂如氟西汀、舍曲林等。现阶段认为选择性5-羟色胺再摄取抑制剂对心血管系统副作用较小，安全性好。同时应当考虑进行精神心理行为治疗，如心理疏导、行为矫正、生物反馈治疗等等。