阴茎背神经阻断术除了可能有多见的感染、出血、切口裂开等并发症以外。阴茎背神经阻断术，如果切断的阴茎背神经分支过多，则容易导致并发症增加，如阴茎麻木、勃起功能障碍。正常情况下，阴茎背神经部分分支切断并不影响勃起功能，但可能导致阴茎麻木、感觉明显缺乏，会使阴茎反射性勃起功能减退，影响到阴茎勃起功能。因为老年男性本身易患ED，因此该手术不适于老年人或合并ED的早泄病人，国内外都有经过阴茎背神经阻断术，治疗早泄的报道，可能有一定的疗效，但是安全性以及长时间效果，仍有待于进一步的研究。由于射精反射的生理过程复杂，现阶段对其相关的基础研究较少，很多环节的详细机理还不清楚。