肛门湿疹由于其部位的特殊性，在选择药物时需要谨慎。一般根据皮损症状来选择，若是急性湿疹大量渗出时，选择3％硼酸溶液或者0*1%利凡诺溶液或生理盐水湿敷。如急性期无渗出或者渗出少量时，可选用炉甘石洗剂、氧化锌糊或者是肾上腺糖皮质激素乳膏。亚急性选用氧化锌油或肾上腺糖皮质激素乳膏，慢性选用肾上腺糖皮质激素软膏。由于肛门粘膜较薄，一般选用中低效激素。软膏有氢化可的松、地塞米松软膏、曲安奈德、糖酸莫米松软膏等。高效需要使用时不应超过两周。