尿道下裂术后小便疼痛有比较多的原因：1、局部炎症感染，主要指外面包皮是否有感染造成刺激；2、尿道通畅性问题，小便是否有费力感、梗阻感，尿线是否细，需要排除尿道梗阻的情况，如果持续存在尿道狭窄，必然会表现出小便费力、疼痛的情况；3、尿瘘，如果新鲜创口表现出疼痛的情况，如导尿管拔除以后表现出小便疼痛，尤其是表现出有排尿费力或者会阴部肿胀，建议马上到就近医院泌尿外科进行专业处理，必要时再重新留置一根导尿管，因为有可能会造成严重问题。