慢性结肠炎的治疗应根据不同的时期、不同的病情、不同的症状和病因，选择不同的治疗方法。急性发作期可应用急于缓解症状的药物，如：柳氮磺吡啶肠等。慢性期以保守治疗为主，可以中西医结合治疗。治疗效果不佳或者表现出出血、穿孔、有癌变倾向的病例可采取外科手术治疗。