怀孕45天有褐色分泌物。有以下几种原因：一、异位妊娠。异位妊娠的典型症状为月经停止、腹痛和阴道出血。可以经过彩超排除异位妊娠。二、需要排除宫颈的病变，如宫颈息肉、宫颈癌早期等。三、考虑先兆流产。先兆流产的表现为少量阴道流血，暗红色或血性白带，无组织物排除，随后表现出阵发性的下腹痛和腰痛。但是妇科检查宫口未开、子宫大小和月经停止天数相符。经过卧床休息或黄体酮制剂保胎治疗后，超声检查胚胎存活，可以继续妊娠；如果临床症状加重，超声检查发现胚胎发育不良，或者血HCG持续不升或反而下降，表明流产已不可防止。