治疗肛门疣应该防止再接触，保持局部干燥清洁。治疗上应该采用内外治疗相结合的措施，内治重在抗病毒，增强免疫力，外治重在跟除疣体并清除潜伏期疣和亚临床症状。可以应用中药治疗，口服逍遥散合桃红四物汤，起到补气活血的作用。还可以口服补肝汤，起到养肝和血的作用。应用一些西药治疗，应用病毒灵，全身用药，可以使一些难治的肛门疣消退。还可以应用中药进行熏洗，还可以注入干扰素。还可以经过免疫疗法、针灸疗法进行治疗，还可以行肛门尖锐湿疣烧灼切除术。