子宫内膜异位症最容易和卵巢普通囊肿，或者是卵巢炎性囊肿进行混淆，而且还可能和一些腹壁的普通结节进行混淆。这是因为子宫内膜异位到卵巢上以后，正常就会形成卵巢巧克力囊肿，而普通的卵巢囊肿就可能会和卵巢巧克力囊肿进行混淆。因此往往需要在彩超，以及肿瘤标志物的检查下来综合进行判断，而且对于子宫内膜异位症的病人最主要的就是会表现出进行性加重的痛经表现，因此可以根据女性的症状来进行区别，但有些囊肿可能需要考虑行手术切除送病检以后才能够确诊。