成人肠道益生菌也有对人体有害的细菌，这些细菌形成庞大的体系如果表现出异常称为菌群失调，可以造成病人表现出腹痛、腹胀、消化吸收不良、腹泻、便秘等。甚至会加重脂肪肝以及全身其他系统疾病，临床往往使用以下药物调节细菌菌群。包括双歧杆菌枯草杆菌第一芽孢杆菌指一些活菌制剂也是一些细菌制剂，还有真菌制剂，主要是布拉酵母菌药物的使用应在医生指导下进行。