大拇指指甲有凹陷，可能是营养不良或者受真菌感染造成。如果大拇指指甲只有凹陷，没有伴有着其他症状，可能是反甲。指甲凹陷如果还有粗糙不平，多数和指甲营养不良有关。指甲凹陷还伴有着颜色改变，比如指甲发黄发灰，质地比较脆，容易断裂，可能是受到真菌感染造成，可以在医生指导下，经过真菌性检查判断原因真菌感染的，可以在医生指导下口服抗真菌药物治疗。如果指甲受到外部撞击或者指甲遭受挤压受伤之后，会容易造成指甲有凹陷。