输卵管囊肿大部分为良性，正常是由于慢性炎症所导致的，单侧发病比较多见，主要由于病原体感染后造成炎症反应，导致输卵管肿胀、渗出，最后形成积脓，当炎症反应消退后，输卵管中的脓液被组织吸收，脓液转为清亮的浆液，形成了输卵管囊肿，当输卵管囊肿较小时可无影响，病人也不会有什么症状或有间断的阴道流液，多为黄色水样，无臭味，而输卵管囊肿较大时，可能会压迫周围组织，比如说导致膀胱压迫，表现出尿频，可能会影响输卵管驶卵及运输卵子受精卵的作用，所以导致病人表现出不孕或者是宫外孕，而当输卵管囊肿发生扭转或破裂时，会造成妇科的急腹症。