胃肠道间质瘤的症状依赖于肿瘤的大小和位置，小于5mm以下的肿瘤，基本上没有什么症状，长得比较大的肿瘤，可能会表现出消化道梗阻的症状。胃肠道出血是最多见的症状，而在食管，吞咽困难的症状往往也多见，部分患者可以因肠穿孔就诊。