肛周脓肿的患者在治疗期间，也可以选择外用药物外敷，能够改善临床症状。常应用的药物是痔疮膏剂，包括马应龙痔疮膏、九华痔疮膏，可以外涂于脓腔的表面或者肛周切口的创缘，能够保护创口，起到隔离、预防感染的作用。可以应用红霉素软膏，直接涂于创口的表面。此外，要注意肛周的卫生，因为这些药物应当是在肛周清洗、坐浴之后进行外涂。在使用药膏的同时，也可以配合应用痔疮栓剂塞入到肛门内，两者共同使用，治疗的效果会更满意。肛周脓肿治疗的周期比较长，也应当注意增加饮食营养，远离刺激性的食品。