甲状腺结节穿刺是会有疼痛的。甲状腺结节的穿刺是在B超的引导下，使用细针经皮肤行甲状腺结节穿刺，在结节内来回穿刺十余下。利用细针的虹吸作用，抽出甲状腺结节内的细胞。整个过程时间比较短，正常不使用麻醉药物。发现了甲状腺结节，建议行甲状腺弹性彩超检查，弹性彩超会给甲状腺结节进行分类。如果分类在一类到三类，提示，良性的可能性比较大，定期复查甲状腺彩超就可以了。如果分类在四类到五类提示有恶性的倾向，建议进行甲状腺穿刺检查。如果穿刺提示发现了肿瘤细胞，需要进一步进行外科手术治疗。