肛瘘分为内口、外口以及瘘管组织。如果黏膜下肛瘘，常常造成肛门坠胀，疼痛向腰骶部放射。内盲性肛瘘脓液如果不能引流，也会表现出直肠下部和肛门部灼热不适，排便时疼痛。如果肛瘘瘘管引流通畅，一般没有疼痛的症状，仅感觉肛门坠胀不适，行走时加重。有时分泌物自外口流至肛周的皮肤，还会造成潮湿、瘙痒，有时会造成肛门湿疹，表现出皮肤丘疹后表皮脱落，长时间不愈合还会使皮肤增厚，呈苔藓样变。高位复杂性肛瘘因慢性炎症刺激，还可造成肛管直肠环纤维化，影响肛门括约肌收缩而表现出排便不通畅。