妊娠12周以前称为早期妊娠，80%的自然流产发生在早期妊娠，因为12周之前胎盘功能没有完全建立，胚胎还不是一个稳定的阶段，因此这个期间容易发生流产。妊娠8周以前绒毛发育还不全，着床还不够牢固，因此更容易发生流产。早期流产的原因有50%是由于胚胎染色体的异常导致的，此外母亲的一些全身性的疾病，比如发烧、病毒感染、严重贫血、慢性肾炎、营养不良都可能会导致流产的发生。母亲卵巢功能不好、黄体功能不足、没有足够的孕酮维持妊娠，而胎盘功能还没有建立，也会发生早期流产。一些免疫功能的异常，可能会导致胚胎或者胎儿受到排斥而发生流产。还有子宫的畸形、子宫受到创伤、抽烟、酗酒等等一些不良的因素都可能会导致流产的发生，怀孕时过多的接触一些化学物质也会导致流产。