小便时阴茎疼痛，建议可以给予双氯灭痛栓50mg纳肛，一般3-5分钟就会缓解疼痛。建议小便时阴茎疼痛一定要化验尿常规，观察尿中是否有红细胞、白细胞，应当检查阴茎和尿道口是否有流脓现象，排尿时是否有堵塞、不通畅的现象。小便疼痛最多见的就是泌尿道感染和尿道结石，对于这两种情况建议大量喝水，可以促进炎症的排泄，缓解疼痛，吃消炎药，消炎药建议左氧氟沙星，每次0*2g，每天2次口服。对于炎症和小的结石，这样治疗就可以缓解疼痛，大的结石需要经过膀胱镜下将结石取出。