感染性心内膜炎的治疗分为抗微生物药物治疗和外科手术治疗。其中抗微生物药物治疗是最为重要的治疗措施，它的用药需要早期使用，足量使用，静脉用药为主，在病原微生物不明时，急性者可以选用针对金黄色葡萄球菌、链球菌和革兰氏阴性杆菌都有效的广谱抗生素，亚急性感染性心内膜炎可以选用针对大部分链球菌的抗生素。已经分离出病原微生物的时候，应当根据药敏实验的结果来选择。如果病人治疗效果不好，也可以考虑进行外科手术治疗，主要是针对由瓣膜功能衰竭所造成的心衰，或者尽管在积极的抗生素治疗时，仍然有持续性的败血症或者再发栓塞的病人。