亚临床甲减的病因有很多种，但最为多见的原因是由于自身免疫性的甲状腺炎所造成，这其中包括桥本氏甲状腺炎，萎缩性甲状腺炎以及产后甲状腺炎等。其次的原因是由于碘过量而造成具有潜在性的甲状腺疾病者发生了甲减，也可诱发和加重自身免疫性的甲状腺炎。此外，对于某些抗甲状腺的药物，如锂盐、咪唑类药物，都可能造成甲状腺的损伤，因此造成亚临床甲减。此外，当碘的摄入量较低时，由于甲状腺激素的合成不充足，也可造成轻度的甲减。此外，当亚急性的甲状腺炎破坏，造成甲状腺细胞后的恢复期时，也会同样表现出亚临床甲减。