霉菌性肠炎最常吃的药物是制霉菌素，这个药比较多见而且经济上容易被大家接受，还有可以口服大扶康，也就是氟康唑胶囊，一般来说首剂加倍，疗程一般是两周左右，症状长一点可能要延长三周，具体服药方法遵医嘱。这些药物都有肝肾功能损害的副作用，还有粒细胞减少的副作用，在服用过程当中一定要注意药物的不良反应，要复查肝肾功能，还有粒细胞情况，就是白细胞。这个药物造成的不良反应，还有本身胃肠道的反应，因为霉菌性肠炎有腹泻症状，制霉菌素药物也有胃肠道反应，这个时候要注意鉴别一下。