直肠阴道瘘的治疗包括非手术治疗以及手术治疗，非手术治疗可以作为一种辅助治疗的手段，一旦形成，应该尽可能的行手术治疗。对于新鲜的创伤，应该立即行手术修补。如果阴道、直肠或者肛门等手术造成的直肠阴道瘘、并发感染，一般需要局部炎症消退，组织恢复正常以后再行修补，可以行单纯直肠阴道瘘修补术，也可以行经肛门括约肌的直肠阴道瘘修补术，术后还应该保持会阴部清洁，留置导尿，术后进食无渣半流质饮食，保持大便通畅，必要时可以给予缓泻剂治疗，应用抗生素预防感染。