男性龟头流脓小便痛，多见的是尿道炎。尿道炎一般分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎。淋菌性尿道炎是由淋病奈瑟菌感染所造成，主要表现为尿道口粘膜红肿，尿道刺痒不适以及尿痛尿道口还会有比较多的脓性分泌物流出。这种情况一般需要使用消炎药治疗，多见的有青霉素类、头孢曲松或者喹诺酮类消炎药。在治疗期间还要多喝水。非淋菌性尿道炎是由支原体衣原体感染所造成，主要表现为尿道刺痒不适，尿痛尿道口还会有少量白色分泌物流出。这种情况也需要使用消炎药治疗，多见的有阿奇霉素或者克拉霉素，同时也要多喝水。