创业指导师证书是由多个国家和地区的政府机构、行业协会、教育机构等共同颁发的，创业指导师证书主要由以下几个部门颁发：

1、人力资源和社会保障部：作为中国政府的最高行政机构，人力资源和社会保障部负责制定和发布全国性的职业资格证书制度，在创业指导领域，人力资源和社会保障部会定期组织国家级创业指导师培训和考试，合格者将获得创业指导师证书。

2、中国就业促进会：中国就业促进会是一个全国性的非营利性社会团体，致力于推动中国就业事业的发展，该协会负责组织和管理创业指导师培训和考试工作，同时也会颁发创业指导师证书。

3、各省市人力资源和社会保障局：各省市人力资源和社会保障局在人力资源和社会保障部的指导下，负责本地区的创业指导师培训和考试工作，合格者将获得创业指导师证书，一些地方政府还会与高校、职业培训机构等合作，共同开展创业指导师培训和考试。

4、行业协会和教育机构：一些行业协会和教育机构也会颁发创业指导师证书，中国青年创业协会、中国企业家协会等组织会定期组织创业指导师培训班，并颁发相应的证书，一些知名高校如清华大学、北京大学等也设有创业指导师培训课程，并颁发证书。

创业指导师证书的颁发涉及到多个部门和机构，旨在提高创业指导师的专业素质和服务水平，为广大创业者提供更好的服务，创业者在获得创业指导师证书后，可以更好地开展创业活动，推动社会经济发展。