肛门瘙痒的治疗药物，还需要根据瘙痒的原因来选择。比如是由于人乳头瘤病毒感染造成的尖锐湿疣，治疗药物可以使用咪喹莫特乳膏、三氯醋酸或二氯醋酸。若是由于肛门湿疹造成的瘙痒，可以先使用炉甘石进行外部涂抹，然后可以涂抹糠酸莫米松乳膏，也可服用盐酸苯海拉明、息斯敏、红霉素、氧氟沙星等。若是由于痔疮造成的瘙痒，可以口服头孢氨苄片、酚酞片、槐角丸、痔速宁、清火栀麦片、三黄片等等，然后再局部涂抹肛泰软膏、云南白药痔疮膏等等。此外，还有可能毛囊炎造成，可以使用夫西地酸乳膏进行治疗。综上所述，一旦患有肛门瘙痒，最好是可以直接去医院进行治疗。