上厕所时肛门疼痛的原因有以下几种：一、如果大便干结，容易造成肛管皮肤裂伤，形成肛裂。用力排便时肛裂的创面受到刺激，容易造成疼痛，由于肛门内括约肌痉挛收缩也会造成疼痛。二、如果病人既往有痔疮，排便时由于腹压增加，痔核脱出肛门不能还纳，表现出嵌顿，也会造成局部血栓形成，肛周疼痛比较剧烈。三、如果痔疮反复脱出肛门局部形成脓液，形成脓肿以后也会造成肛周包块，触之伴疼痛。因此上厕所时肛门疼痛的原因有很多，需要肛周视诊、直肠指诊，必要时置入肛门镜检查来明确诊断。