指甲盖凹凸不平，有以下方面的原因：一种情况，可能是慢性甲营养不良，当指甲受到外伤或者身体某些疾病的时候，比如胃肠功能紊乱等消化性疾病，可以造成甲营养不良。这种情况可以经过补充维生素或者微量元素得到缓解。此外一种情况，可能是真菌感染，可以到医院皮肤科刮取甲腺，做一下真菌免疫荧光检查。如果真菌检查阳性，可以明确诊断一些皮肤科的疾病，也可以造成指甲盖凹凸不平，如多见的银屑病、扁平苔藓、慢性湿疹。