龟头内隐痛的原因如下：1*前尿道结石：由于结石会对周围的软组织造成刺激，在排尿时就可造成隐隐作痛的症状。正常还伴随尿频、尿急、尿分叉等表现，但是阴茎表面没有任何其他症状。需要进行CT检查确诊，然后进行相应的排石处理。2*尿道炎：主要为支原体、衣原体、淋球菌感染所造成，会造成尿道内部的黏膜受损，因此造成尿道烧灼感、刺痛感。龟头局部还会表现出脓性分泌物，主要为不洁的性生活所造成，也是一种多见的性传播疾病，需使用抗生素类药物进行治疗。