指甲盖上有小坑，可能的原因主要包括，一、经常涂抹指甲油，清洗指甲油，经常美甲等操作过程中将指甲损伤而造成的指甲表面凹凸不平。二、因为微量元素锌，微量元素铁以及矿物质钙缺乏，指甲失去应有的营养成分供应，造成指甲的表皮修复异常，表现出凹凸不平的现象。三、因为指甲感染上了真菌，造成甲癣，造成指甲正常的结构被破坏，造成了指甲凹凸不平的表现。四、在进行体力劳动的过程中，不注意防护，指甲受到外力损伤，而造成这种现象。具体的原因需要到医院进行检查后，才能明确。