支原体肺炎的病程具有自限性，多数病例可不经治疗而自愈，但是在支原体肺炎的早期使用适当的抗生素可减轻病人的临床症状、缩短病程。首选大环内酯类抗生素，如红霉素、罗红霉素和阿齐霉素。对大环内酯不敏感者则可选用呼吸氟喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等，四环素类也用于肺炎支原体肺炎的治疗。疗程一般2-3周，因肺炎支原体无细胞壁，青霉素或头孢菌素等抗生素无效。对剧烈咳嗽者应适当给予镇咳药。若合并细菌感染，可根据病人的病原学检查结果选用针对性的抗生素进行相关治疗。