治疗复杂性肛瘘，可以经过药物治疗，起到缓解症状的作用，可以应用中药熏洗，可以应用苦参汤或五倍子汤或止痛如神汤肛周熏洗，起到清热利湿、消肿的作用。治疗复杂性肛瘘，还应该保持肛周清洁，保持大便通畅，注意饮食调理，养成良好的生活习惯。如果想彻底的治疗这种病，需要积极的行手术治疗，手术的原则将瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促使愈合。手术治疗时要充分、慎重评估，手术后的肛门功能以及复发的概率。如果治疗复杂性肛瘘手术难以达到预期的效果，瘘管挂线引流、带瘘生存，也是一种安全的选择。复杂性肛瘘的手术复杂难度大，复发率高，并且容易损伤肛门功能，手术时一定要仔细。