真菌性角膜溃疡的治疗方法主要是药物治疗：局部用抗真菌的药水，如两性霉素B、那他霉素、氟康唑、咪康唑等眼药水。两性霉素B和那他霉素（丝状真菌首选）是抗真菌性角膜炎的一线药物。联合使用抗真菌药物，有协同作用。用药过程中要注意毒副作用，尤其对肝功能的损害，药物至少持续使用六周。近年研究表明，免疫抑制剂环孢霉素a和他克莫司可以抑制部分真菌的生长。有部分病人病情不能控制，根据病情可能考虑手术治疗，包括清创术、结膜瓣遮盖术、角膜移植术等。具体请到医院就诊，对症治疗。