阴茎有点疼，不舒服，正常有以下几种原因：一、尿道炎，海绵体造成的炎症，尿道海绵体有炎症，炎性分泌物会刺激到尿道海绵体会造成疼痛。二、海绵体白膜慢性损伤，海绵体白膜慢性损伤会造成海绵体白膜表现出炎症，纤维体疤痕形成，因此造成疼痛。三、经过神经系统造成的反射性疼痛，腹膜后病变、肾脏的病变、前列腺炎等都会经过神经系统的放射，造成阴茎疼痛。四、性经验不足者或者性交位置不对，性交过度也会造成阴茎疼痛。