补牙第二次封药后疼痛的原因有以下：1、根管内放置甲醛、甲酚、木馏油等消炎剂时，刺激根尖周组织造成剧痛，3-5天后症状减轻。2、根管预备时根管锉将坏死物质推出根尖孔，引发根尖周感染，应用头孢和硝基咪唑类抗生素后疼痛减轻。3、扩大针、拔髓针等器械发生折断，穿出根尖孔刺激周围组织，需在显微镜下运用超声仪器取出。4、使用过氧化氢溶液冲洗根管时，气体溢出形成皮下气肿，1-2天后胀痛缓解。