胃间质瘤的手术方式主要由肿瘤大小及生长部位决定，手术需切除干净，尽量防止触动肿瘤，防止间质瘤破损后扩散到腹腔，结合肿瘤大小和生长部位，保留胃功能，肿瘤靠近贲门，切除完整，可能影响贲门功能；幽门肿瘤比较巨大，很难在保留幽门情况下完整切除肿瘤，所以以上两个部位是间质瘤外科手术的挑战，相对而言一些，胃大弯侧间质瘤效果较好，手术难度较低。