肥厚型梗阻性心肌病在治疗中应防止应用可增强心肌收缩力的药物，如洋地黄类，β受体兴奋药如异丙肾上腺素等。可应用β受体阻滞剂和钙拮抗剂以减轻流出道梗阻和减少心肌氧耗；抗心律失常药可用于控制快速室性心律失常和心房颤动，以胺碘酮为较常用，药物治疗无效时考虑电击。对于一些明确诊断、药物治疗效果不佳的梗阻性心肌病病人考虑手术治疗，如室间膈肌纵深切开术和肥厚心肌部分切除术以缓解症状。此外，也可以采用双腔永久起搏器做右心室房室顺序起搏以缓解梗阻性病人的症状。