小孩发烧抽搐的原因还不是很清楚，但是以下是比较重要的因素：一是因为小孩大脑发育不成熟，发烧、抽搐多发生在6月龄~5岁的儿童中，主要发生在12~18月龄的儿童，这部分儿童大脑髓鞘形成的过程还没有结束，过多神经元消失死亡，突触间联系不完善。二是发热以病毒感染最多见，病毒感染损伤脑细胞，脑部表现出异常电活动波，导致肢体局部或者全身骨骼肌强直和阵挛性运动。三是遗传因素，发烧抽搐的遗传易感性和一些基因位点相关，但大多数病例中的确切遗传模式不清楚。发烧、抽搐患儿的父母及兄弟姐妹也发生过或可能要发生发烧、抽搐，此外单卵双胎的同病率发生高于双卵双胎。