脸上出现扁平疣时，可以先进行药物治疗，比如水杨酸、维A酸、干扰素凝胶、5%咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶软膏等，也可以在医生的指导下外用3%酞丁胺霜、3%酞丁胺二甲基亚砜溶液来治疗。如果患者外用药物治疗的效果不佳，可以口服免疫调节剂来治疗，比如西咪替丁、左旋咪唑等。脸上出现扁平疣时还可以进行手术治疗，临床上有自体疣免疫疗法治疗为主，还可以辅助进行中医治疗。