男人小便时尿道痛的原因如下：第一、泌尿系统结石，比如膀胱结石或输尿管结石，结石会划破膀胱粘膜或输尿管粘膜，在排尿时，尿液会刺激伤口，就会造成疼痛，正常为持续性刺痛。第二、急性膀胱炎或急性尿道炎，会造成尿道或膀胱黏膜表现出急性充血水肿、糜烂，在排尿时就会表现出尿道痛，同时还伴随小腹部疼痛、腰痛、尿频、尿急等表现。第三、前列腺炎会造成小便时尿道疼痛，同时还伴随会阴区胀痛、尿道口滴白等表现。