怀孕三个月出血是病理现象，有可能是下面几种原因：第一，可能是先兆流产，伴随或不伴随腹痛而发生的阴道出血都有可能是先兆流产，也有可能是胎盘的位置比较低，发生了错位而造成的出血。第二，有可能是宫颈炎症，比如宫颈息肉，宫颈糜烂都有可能发生出血。第三，如果出血来自于肛门，有可能是痔疮出血。第四，如果出血来自于尿道，有可能是泌尿系感染或者是泌尿系的息肉造成的出血。不管是哪一种情况，都应当到医院检查，根据病因来治疗。