怀孕三个月肚子疼，首先我们要明确，是流产的迹象，还是一个胃肠道炎症的一个迹象，或者是腹泻肚子疼的情况。若是中下腹的阵发性的疼痛，伴随明显的子宫的收缩感，有阴道出血，或者是没有阴道出血，这种情况我们要考虑是不是一个流产的征兆。若是整个的小腹部疼痛，伴随一些腹泻，大便异常，那我们要考虑一下是不是因为胃肠道方面的问题造成的肚子疼。以上健康科普知识仅供参考。