现阶段建议的根除幽门螺杆菌的方案主要是铋剂四联，短期服用铋剂的安全性很高，短期服用质子泵抑制剂几乎无明显不良反应。发生不良反应的主要是抗生素，现阶段建议的抗生素包括：阿莫西林、甲硝唑、克拉霉素、四环素、左氧氟沙星和呋喃唑酮等。多见的不良反应有恶心呕吐（见于甲硝唑和四环素）；口苦、金属味、舌苔厚腻（见于克拉霉素和甲硝唑）；消化不良、食欲不振、腹泻、皮疹（见于阿莫西林和呋喃唑酮）；头晕、乏力、肝功能损害（见于四环素）。这些抗生素的主要不良反应，其发生和服用抗生素的组合、剂量、疗程以及病人的体质、伴有疾病有关。一般女性发生率高于男性，在根除治疗中报道的和根除治疗相关的不良反应，总发生率约为5%~20%，大部分为轻度可以耐受，少数病人可因药物不良反应中止治疗。