造成男性尿道感染的病原体比较多，选用的药物要针对不同的病原体，若是单纯的杆菌所造成来的尿道感染，可以选用青霉素类的药物如氨苄青霉素、或是头孢类的药如头孢拉定等，或者是喹诺酮类的药如诺氟沙星氧和氧氟沙星等。若是支原体、衣原体所造成来的感染，可以使用大环内酯类的药物，如罗红霉素等。若是淋球菌感染所造成来的，应当使用头孢三代类的药物，如头孢克肟等。若是真菌所造成来的尿道感染，那么要使用抗真菌的药物进行治疗。