小孩阴茎肿痛，主要的原因是包皮感染，也就是龟头包皮炎，多数是由于包茎，包皮过长和包皮垢比较多，不容易清洗干净包皮、造成的包皮阴茎红肿疼痛，常常伴发有尿频，排尿困难，化脓，局部疼痛、流脓，最后还会形成瘢痕性包皮狭窄，加重排尿困难。此外，过敏比较厉害后，表现出包皮水肿明显，这种情况以肿为主，疼痛不如化脓性炎症疼痛的厉害，因此过敏也是一种主要的因素。