克罗恩病一旦导致肛门狭窄，治疗就非常困难，具体如下：1、若是单纯的直肠狭窄，在直肠黏膜没有明显炎症的情况下，医生可采用切除前移黏膜瓣的方法，或者在内镜下对狭窄进行切开，直肠的狭窄就可解决，直肠部分可缓解狭窄情况，改善患者的排便情况；2、若是肛管狭窄，狭窄合并表现出括约肌僵硬且导致大便失禁，则难以处理。克罗恩病、克罗恩病合并肛周病变，早期治疗非常重要，尽可能早期控制炎症。如果无法控制，表现出肛门狭窄，能保守尽量就不做手术，经过局部的扩肛、药物抗炎，可在一定程度上改善。如果药物控制不好，才考虑外科手术治疗。