两只眼睛对焦不在一点上，正常是由于以下原因造成：1、由于屈光参差造成，如果两只眼睛的屈光度数相差超过300度以上，就被称作屈光参差。屈光度数的差异会造成双眼的焦点位置不同，度数的差距越大会造成双眼焦点的距离差距越大，并且无法经过睫状肌的调节功能进行代偿，因此使病人非常容易表现出视疲劳的症状。2、由于斜视造成，当表现出斜视时双眼的视线方向会形成一定的夹角，因此造成双眼看东西焦点不在同一个位置，严重的情况甚至还会表现出重影等情况。3、由于单眼动眼神经麻痹造成，动眼神经支配睫状肌，使睫状肌发挥调节眼睛焦点的作用，一旦一只眼睛表现出无法调节焦点，必然会造成双眼的焦点不在同一处。