幽门螺杆菌感染过去选用三联疗法，即质子泵抑制剂联合两种抗生素进行治疗，随着对幽门螺杆菌感染研究的深入，发现部分地区对克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星的耐药率逐步升高。所以，为了提高用幽门螺杆菌感染的根治率，现阶段指南建议使用奥美拉唑或雷贝拉唑等质子泵抑制剂、联合铋剂，再加上两种抗生素，一共四联进行治疗10-14天。抗生素一般首选阿莫西林、呋喃唑酮或四环素等耐药率较低的抗生素，如在耐药率较低的地区，可根据药敏试验及当地的耐药情况酌情选用克拉霉素或甲硝唑或左氧氟沙星等，建议四种药物治疗10到14天后，停药四周，再复查碳13或碳14呼气试验观察治疗效果。