女性在排卵期小肚子不舒服，多数考虑是以下原因：一，为生理性的排卵痛，女性在排卵期时由于卵泡破裂，卵子排出以及卵泡液流入盆腔，导致盆腔积液会对盆腔腹膜产生刺激，导致女性表现出轻微的小腹坠胀，闷痛不适等表现，多数是属于生理现象，大约1到2天后可自行缓解，不需要特殊处理。二，是否有合并盆腔炎性疾病所导致的小肚子不舒服，女性有盆腔炎性疾病时会表现出下腹坠胀，腰酸，腰痛，阴道分泌物增多，外阴瘙痒等表现，因此如果表现出小肚子不舒服，且呈进行性加重的情况下，要排除是否有盆腔炎性疾病所导致的。因此当女性表现出排卵期小肚子不舒服，经过休息1到2天后，如果症状不能缓解，建议还是要及时到医院完善相关检查，查明原因后再对症处理。